L’histoire de « Wrath of Khan », comme beaucoup le savent, rattrape le méchant abandonné Khan, laissé sur la planète Ceti Alpha V après les événements de l’épisode de la série originale « Space Seed » (16 février 1967). Entre-temps, la planète a subi un cataclysme environnemental, laissant Khan et sa suite bloqués sur un monde désertique en voie de disparition. Bouleversé que Kirk (William Shatner) n’ait jamais pris la peine de le surveiller, Khan vole un vaisseau spatial de la Fédération en utilisant des vers d’oreille inhabituels manipulant le cerveau pour contrôler les officiers de Starfleet. Il se lance dans une mission de vengeance.

Les histoires de vengeance conviennent parfaitement aux films d’action, mais Roddenberry ne voulait pas que « Star Trek II » soit un film d’action. Comme « Star Trek : le film », il aurait préféré quelque chose de plus capiteux et davantage basé sur des idées de science-fiction. Roddenberry détestait le scénario final de « Khan », estimant que le dialogue était ringard. Il aurait déclaré :

«Je pense que c’était une image passionnante. (…) Mais j’ai eu beaucoup de problèmes avec ça. Je pensais qu’ils étaient très chanceux d’avoir l’acteur qu’ils avaient choisi dans Ricardo Montalbán pour jouer Khan car ce n’était pas un rôle bien écrit. « Je te poursuivrai à travers les lunes de Jupiter » et ainsi de suite, entre les mains de presque n’importe quel autre acteur, aurait fait rire le public. Montalbán leur a sauvé la mise. Khan n’a pas été écrit comme un personnage passionnant, il était plutôt fragile. Le Khan dans l’épisode télévisé était un personnage bien plus profond et meilleur que le Khan du film, sauf que Montalbán a réussi.

La phrase de Khan était en fait « Je vais le poursuivre autour des lunes de Nibia, autour du maelström d’Antarès et autour des flammes de la perdition avant de l’abandonner », mais on peut voir le point de vue de Roddenberry.